1. Tiếp tục đổi mới tổ chức và cơ chế quản lý khoa học công nghệ và tài chính, phát huy sức mạnh nội lực để đẩy mạnh công tác nghiên cứu, khuyến khích các hoạt động sáng tạo khoa học - công nghệ, thúc đẩy việc áp dụng nhanh các tiến bộ khoa học - công nghệ vào phát triển kinh tế - xã hội. Hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ và tổ chức hệ thống quản lý khoa học - công nghệ; phân cấp quản lý một cách hợp lý giữa các cấp trong Học viện Nông nghiệp Việt Nam với mục tiêu nâng cao chất lượng nghiên cứu khoa học và phục vụ thực tiễn, đồng thời tăng cường tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các đơn vị, xây dựng cơ chế chế liên kết đào tạo - nghiên cứu khoa học - sản xuất kinh doanh giữa các đơn vị đào tạo, các viện và trung tâm nghiên cứu với các doanh nghiệp.
2. Phát triển tiềm lực khoa học công nghệ như xây dựng qui hoạch, kế hoạch về bồi dưỡng, đào tạo lại và đào tạo nguồn nhân lực khoa học - công nghệ (bao gồm cả công tác quản lý khoa học - công nghệ, chú trọng đào tạo cán bộ khoa học - công nghệ có trình độ cao, đầu ngành, tăng cường gửi cán bộ đi đào tạo ở các nước có trình độ khoa học - công nghệ tiên tiến. Xây dựng cơ sở vật chất, cơ sở dữ liệu phục vụ nghiên cứu khoa học - công nghệ; Xây dựng qui chế về đổi mới tổ chức và quản lý trang thiết bị, phòng thí nghiệm. Ứng dụng công nghệ thông tin trong triển khai thực hiện và quản lý các hoạt động khoa học - công nghệ.
3. Tăng cường sự hợp tác trong nội bộ và với bên ngoài vì những mục tiêu nghiên cứu mang tầm chiến lược, lĩnh vực mũi nhọn, ứng dụng công nghệ tiên tiến vào sản xuất. Liên doanh, liên kết Học viện với các cơ sở nghiên cứu khoa học công nghệ và doanh nghiệp để chuyển giao kết quả nghiên cứu khoa học và đổi mới công nghệ vào sản xuất kinh doanh.
4. Xây dựng cơ chế hoạt động của các quỹ đặc biệt để hỗ trợ cho việc nghiên cứu, tìm kiếm các hợp đồng, đề tài, dự án.
5. Xây dựng chương trình, kế hoạch nghiên cứu cụ thể cho từng nhóm ngành và chuyên ngành và liên ngành, xác định các vấn đề nghiên cứu trọng điểm, gắn nghiên cứu với đào tạo, nghiên cứu với nhu cầu của các bộ ngành, địa phương, tổ chức phát triển, cả khu vực kinh tế công và kinh tế tư nhân. Thực hiện các hướng nghiên cứu ưu tiên.
6. Tổ chức trao đổi thông tin, xuất bản, đăng ký kịp thời bản quyền các sản phẩm KH-CN của Học viện trên thị trường trong và ngoài nước.